杜仲CONSTANS-like全基因组鉴定、系统进化及表达模式分析
作者：刘俊,李龙,陈玉龙,刘燕,吴耀松,任闪闪, 单位：河南中医药大学中医药科学院河南省中医方证信号传导重点实验室；国际竹藤中心国家林业和草原局竹藤科学与技术重点开放实验室；国际竹藤中心安徽太平试验中心；西北农林科技大学林学院 本文刊于： 《浙江农林大学学报》 2022年第03期
关键词:
杜仲 CONSTANS-like 生物信息学 表达模式分析Keywords
Eucommia ulmoides, CONSTANS-like, bioinformatics, expression pattern analysis,
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摘要
【目的】揭示CONSTANS-like在杜仲Eucommia ulmoides基因组中的分布、结构特征及表达模式。【方法】利用生物信息学方法，对杜仲CONSTANS-like基因家族进行鉴定及理化性质、进化关系、基因结构、启动子元件和表达模式分析。【结果】杜仲基因组中共鉴定到8个EuCOLs基因，分别命名为EuCOL1～EuCOL8，氨基酸数目为315～469，理论等电点分布范围为5.10～6.47，分子量为35.21～52.65 kDa。亚细胞定位预测均定位在细胞核中，为亲水性蛋白，分布于8条染色体。系统进化分为2个亚家族(群组Ⅰ和群组Ⅲ)，分别包含2和6个EuCOLs蛋白，同一亚家族基序具有相似性。EuCOLs基因结构简单，启动子中含有多个光周期响应元件。表达模式分析显示：EuCOLs在杜仲叶片发育中表达水平相对较低，EuCOL7在杜仲胶形成中表达量最高，各家族成员表达特征存在差异。蛋白互作预测显示：EuCOL7可与多个光周期响应蛋白互作。【结论】杜仲CONSTANS-like基因家族含有典型的CCT和B-box结构域，可能参与叶片发育及杜仲胶的形成。图8表1参56
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