利用基因芯片解析金柑和纽荷尔应答溃疡病的转录差异

Analysis of Different Transcriptional Responses to Citrus Canker between Meiwa and Newhall Via Microarray

作者: 专业:果树学 导师:刘继红 年度:2010 学位:硕士  院校: 北方工业大学

Keywords

        柑橘溃疡病是柑橘的主要病害之一,本研究以柑橘溃疡病感病品种纽荷尔甜橙和抗性品种宁波金柑为材料,使用基因芯片技术分析两者在接种溃疡病致病菌后的基因表达谱差异,并使用半定量PCR验证了基因芯片结果的可靠性,最后应用生物信息学对差异表达基因进行功能分析。结果如下:1.柑橘溃疡病致病菌离体接种试验表明,接种后叶片出现典型病发症状的时间在3-5天,第5天发病率为近100%。2.芯片结果利用R软件bioconductor平台下的RankProd芯片统计软件包对Affymetrix芯片杂交结果的CEL文件进行自主分析,以为标准筛选差异基因,筛选结果表明:纽荷尔上调基因610个,下调基因714个;金柑上调基因530个,下调基因264个;其中金柑与纽荷儿共上调基因150个,共下调基因80个;金柑中上调倍数高于纽荷尔的基因97个,金柑中上调纽荷尔中下调的基因为5个;金柑中特异上调基因376个。取统计分析结果中二者共上调且金柑中上调倍数高于纽荷尔的基因97个,金柑上调纽荷尔下调的基因5个,金柑中特异上调的基因376个,共478个基因进行生物信息学分析,用Annot8r生物信息学软件对478个基因进行了功能注释包括GO、EC。结果表明其中存在许多已经报道过具有抗病相关功能的基因,如水杨酸、茉莉酸、类黄酮、HR、SAR、气孔调节、激素运输、乙烯、类苯基丙烷、木质素等相关抗病基因。除此之外,在研究中还有许多未报道的但差异表达显著的基因,其功能有待于深入研究。3.选取了17个基因进行Semi-Quantitative RT-PCR验证芯片可靠性,结果表明17个基因Semi-Quantitative RT-PCR结果表明同芯片结果,证明了芯片结果可靠性。
    
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