太行菊NAC转录因子基因OpNAC1的克隆及生物信息学分析

2018年第11期

关键词:
太行菊 NAC 基因克隆 生物信息

Keywords
Opisthopappus taihangensis;NAC;Gene cloning;Bioinformatics
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摘要
     NAC转录因子是植物中数量最大的转录因子,在植物的生长发育及各种逆境胁迫中发挥非常重要的作用。本研究以太行菊的叶片为研究材料,运用RT-PCR及RACE技术克隆得到一条太行菊的NAC基因完整的cDNA序列,命名为OpNAC1(GenBank登录号MF996370),并对其进行了生物信息学分析。分析表明,OpNAC1基因cDNA序列全长1 208 bp,ORF全长855 bp,编码284个氨基酸。预测其蛋白分子量32.68 kD,等电点6.46,属于不稳定亲水性蛋白。不含有信号肽和跨膜结构,很可能定位于细胞核。OpNAC1与菊花(ADQ20114.1)亲缘关系较近,同源性达93.7%。二级结构预测表明,OpNAC1蛋白由40个α-螺旋(14.08%)、47个β-折叠(16.55%)和197个无规则卷曲(69.37%)组成,与三级结构预测基本相符。研究结果为今后深入研究NAC转录因子在太行菊中的生物功能提供基础。


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