水稻粒形调控相关基因进化的全基因组尺度分析

本文刊于:《分子植物育种》 2018年第11期

关键词:
水稻 粒形 全基因组加倍 基因丢失 同义置换率(Ks)

Keywords
Rice;Grain shape;Whole genome duplication;Gene loss;Synonymous mutation rate(Ks)
摘要
     水稻粒形相关基因,对于调控作物产量和品质都具有十分重要的作用,但关于其进化缺少一个系统的、全基因组尺度的比较基因组学分析。研究以已鉴定的水稻粒形相关基因为目标序列,在8个禾本科植物中进行比较基因组学分析,旨在全基因组范围揭示不同粒形基因在多个禾本科作物种系中的进化规律。基于同源比对分析发现,不同基因组中粒形相关基因数量不具有明显差异,平均每个基因组中粒长和粒宽相关的基因分别有364和75,其中较多的是谷子,有423粒长、71粒宽调控基因。基因组同源共线分析,发现全基因组加倍和串联重复对于家族基因拷贝数增加具有重要贡献,但是重复基因丢失可能维持了基因数量的稳定。通过粒形基因中旁系同源基因对间的同义核苷酸置换率(Ks)比较,揭示不同的粒形基因具有不同的进化速率,进化最快的是粒长调控相关基因An-1。本研究为认识水稻粒形调控相关基因进化提供了重要的理论基础,对于禾本科粒形相关基因从全局尺度到单基因的进化具有极为重要的意义。


本文地址:www.fabiao.net/content-18-1848594-1.html

上一篇:利用MODIS NDVI进行淮南矿区植被覆盖度动态监测
下一篇:玉米MS22基因生物信息与GRX基因进化分析

分享到: 分享水稻粒形调控相关基因进化的全基因组尺度分析到腾讯微博           收藏